Am 21. November 2016 jährt sich zum 100. Mal der Todestag Franz Josephs I. Auch auf die „Habsburgische Hausuniversität“ in Wien übte der Monarch während seiner 68-jährigen Regentschaft großen Einfluss aus. Bereits der Rücktritt seines Onkels als Kaiser sowie Franz Josephs Thronbesteigung können als Folge der Revolution von 1848 betrachtet werden, an der die Akademische Legion großen Anteil hatte.
Der von Franz Joseph eingesetzte Unterrichtsminister Leo von Thun-Hohenstein führte ab 1849 weitreichende Reformen durch, die die Grundlage für die Entwicklung zu einer modernen Universität legten (Lehr- und Lernfreiheit).
1854 beschloss Kaiser Franz Joseph außerdem den Bau des neuen repräsentativen Universitätsgebäudes, das allerdings erst 1884 eröffnet werden konnte.
Den 50. Jahrestag seiner Thronbesteigung feierte die Universität 1898 mit der Herausgabe eines Festbandes. Darüber hinaus schrieb sich der längstdienende Monarch der Habsburger mehrfach in die Repräsentationskultur der Universität Wien ein.