Die von Kaiser Ferdinand II. am 13. Oktober 1623 in Kraft gesetzte „Sanctio pragmatica“ markierte den Sieg der Gegenreformation und die Rekatholisierung der Universität unter der Führung des Jesuitenordens.
Die Inkorporation des Jesuitenkollegs in die Universität bedeutete das Ende des 1384 begründeten „Collegium ducale“, des eigentlichen Herzstücks der mittelalterlichen Universität. An seiner Stelle und an der Stelle mehrerer Bursen errichtete der Orden das neue „Collegium Academicum Viennense“ mit der Universitätskirche, dem Gymnasium, der Bibliothek, mit Wirtschafts- und Wohngebäuden, dem Observatorium, der Alten Aula und dem prächtigen Jesuitentheater, das unter Kaiser Leopold I. eine hervorragende Rolle im Kulturleben Wiens und des Hofes spielen sollte. Das Akademische Kolleg unterstand hinsichtlich Lehrmethode, Lehrinhalte, Personal und Disziplin völlig dem Jesuitenorden, der in den künftigen 150 Jahren die führende Rolle in der Alma Mater Rudolphina spielte.
