Wenige Tage vor Kriegsende, am 5. April 1945, wurden die Assistenten Kurt Horeischy und Hans Vollmar – Mitglieder einer Widerstandsgruppe – erschossen, als sie versuchten, die Zerstörung des als „kriegswichtig“ eingestuften Elektronenmikroskop des I. Chemischen Instituts zu verhindern.
Am 10. April 1945 erreichten die ersten sowjetischen Soldaten das Universitätshauptgebäude. Bereits am 20. April 1945 erfolgte die Wahl des akademischen Senats und am 25. April jene ersten Nachkriegsrektors Ludwig Adamovich. Studierende wurden bei der Beseitigung von Bombenschutt sowie der Wiederherstellung zerstörter Gebäude eingesetzt, sodass am 29. Mai 1945 der Vorlesungsbetrieb beginnen konnte.
Mit dem am 8. Mai 1945 verabschiedeten „Verbotsgesetz“ begann auch die „Entnazifizierung“ der Lehrenden und Studierenden, die jedoch bald durch Amnestien abgeschwächt bzw. prakitsch beendet wurde. Die Aufarbeitung der Involvierung in den Nationalsozialismus trat zunehmend hinter den „Wiederaufbaus“ zurück.
